Bakken brood en andere pasta leidt ook tot verlies van belangrijke ingrediënten als gevolg van water extractie. Dit komt doordat tijdens het bakproces water wordt vooral uit het buitenste deel van de korst gehaald, vanwege de hoge temperaturen in de oven en de lange baktijden - tot wel vier uur. Aan de ene kant, water-oplosbaar vitaminen gaan verloren samen met de vermindering van vloeistof, en aan de andere kant neemt het aandeel van warmtegevoelige voedingsstoffen en vitale stoffen (macro- en micronutriënten) af. In het geval van vitaminen B1 en B6 treden in het totaal verliezen op tot 20% brood, maar deze kunnen alleen in de korst veel hoger zijn. Bijzonder lange baktijden bevorderen en versterken de korstvorming en het daaruit voortvloeiende verlies van essentiële voedingsstoffen. In het geval van “pompernikkel” resulteert de lange blootstelling aan hitte in een relatief dikke korst, waardoor vitamine B1 en B2 verliezen van 75%. In ons lichaam kan dit snel een tekort aan vitale stoffen veroorzaken, waarbij vitamine B6-tekort verdere verliezen van vitamines, mineralen en sporenelementen veroorzaakt. Als er te weinig van de vitamine in het lichaam aanwezig is, verlaagt dit de vitamine C niveau in de bloed zink niveau in het plasma en de ijzer toestand. Het tekort kan zelfs veroorzaken calcium, koper en vitamine B12 absorptie worden geblokkeerd. De vorming van niacine kan worden geremd. De veranderingen in de korst van de brood omvatten ook de vorming van bruine condensatieproducten, die de eiwitten (proteïne) in ons lichaam en de biologische waarde ervan verminderen.
