Fylogenese komt overeen met de fylogenetische ontwikkeling van een soort levende wezens. Het houdt zich dus bezig met de procesmatige evolutionaire geschiedenis van mensen en andere soorten en met de kenmerken die deze soorten onderscheiden. Studies over fylogenese komen overeen met een analyse van enkele of meerdere kenmerken en worden vaak samengevat in fylogenetische bomen. Fylogenetische analyses kunnen ook worden uitgevoerd op individuele ziekten.
Wat is fylogenese?
Fylogenese komt overeen met de fylogenetische ontwikkeling van een soort levende organismen. De term fylogenese wordt in de biologie gebruikt om de fylogenetische ontwikkeling van een lichaam van levende wezens en hun verwante groepen te beschrijven. Soms omvat de term ook de voortschrijdende ontwikkeling van individuele kenmerken in de loop van de ontwikkelingsgeschiedenis en omvat in dit geval vooral verbanden van evolutie. Fylogenese moet worden onderscheiden van ontogenese, die verwijst naar de ontwikkeling van afzonderlijke individuen binnen een bepaalde soort. Een fylogenetische reconstructie voor een bepaalde groep vindt altijd plaats door middel van onderzoek naar de erfelijke kenmerken ervan. Deze analyse van eigenschappen wordt zowel gedaan op de levende soorten als op zijn fossiele vertegenwoordigers. De reconstructie van een fylogenese beoogt de verheldering van relaties tussen individuele soorten en maakt, met taxonomie, ook de reconstructie mogelijk van fylogenetisch natuurlijke systemen. Vaak worden fylogenetische relaties zichtbaar gemaakt door middel van een weergave in de fylogenetische boom.
Functie en taak
Er bestaan fylogenetische studies voor een verscheidenheid aan holistische en individuele menselijke eigenschappen. Er zijn nu bijvoorbeeld fylogenetische beschrijvingen van taal die specifiek ingaan op de opkomst van taal tijdens de cursus en die moleculair-genetische studies van taalgenen omvatten. In deze fylogenetische studies is de morfologie van de spraak- en taalorganen vergeleken. Op basis van deze vergelijking beschreven de onderzoekers de evolutie van taal, beginnend met eencellige organismen en eindigend met recente mensen. De spraakgenen van mensen werden moleculair vergeleken met die van andere dieren zoals muizen, zangvogels en micro-organismen. Het doel van de fylogenetische studies was voornamelijk om ons begrip van de menselijke taal te verbeteren. Naast de vraag waar taal nodig is en de grenzen van taalprestaties, rezen epistemologische vragen. Phylogenetics geeft het antwoord op het laatste, dat een soort slechts zoveel van de waarheid kent als verenigbaar is met het voortbestaan van de soort. In fylogenetische vergelijkingen van de morfologie van spraak- en taalorganen wordt met name de menselijke taal vergeleken met die van de chimpansee. Omdat de chimpansee een nogal onregelmatig gebit en een ondiepe keelholte heeft, naast een ver gevorderde kaak, heeft hij moeite om te articuleren in de richting van de menselijke spraak. Genetisch bezitten mensen en chimpansees echter bijna identieke genen voor spraakmotoriek. De chimpansee is ook beter geschikt voor de cognitieve neigingen van menselijke spraak dan welke andere soort dan ook. Naast deze en soortgelijke fylogenetische studies omvat de hedendaagse embryologie bijvoorbeeld ook fylogenetische vragen. Op dit gebied is de belangrijkste vraag bijvoorbeeld of de ontwikkeling van één organisme kan worden opgevat als een weerspiegeling van de fylogenie. In deze context structuren zoals de keelholte bogen van de mens embryo- een rol spelen die, vanuit fylogenetisch oogpunt, waarschijnlijk overeenkomt met relicten van kenmerken van de fylogenetische voorouders en dus vergelijkbaar zou zijn met bijvoorbeeld de kieuwen van vissen. Causale verbanden tussen fylogenese en ontogenese zijn een relevant onderzoeksgebied in de embryologie. In dit onderzoeksgebied behandelt fylogenese bijvoorbeeld of genetische controle en ontwikkelingsgenen of embryonale vorming principes en mechanismen kunnen worden begrepen als centrale doelen voor mechanismen van evolutie of soortverandering.
Ziekten en aandoeningen
In principe lijden individuen meestal aan een ziekte tijdens de ontogenie met ernstige afwijkingen van de fylogenie. Soms vinden er fylogenetische studies plaats met betrekking tot specifieke ziekten zelf, in welk geval ze proberen de geschiedenis van een bepaalde ziekte bij een bepaalde soort en de aanpassingen van de soorten die mogelijk zijn ontstaan. Een voorbeeld van een ziekte waarvoor fylogenetische studies bestaan, is het HIV-virus. Fylogenetische analyse van de virale ziekte suggereert dat het HIV-virus drie of zelfs meer keer volledig onafhankelijk van een dier, zoals een aap, op een menselijk individu is overgegaan. Met behulp van moleculaire klok 2 kan hiervoor een tijdsbestek tussen 1930 en 1940 worden bepaald, met Afrika in opkomst als het oorspronkelijke land. Deze conclusies kunnen worden bereikt door de fylogenieën van verschillende varianten van het hiv-virus te reconstrueren. Ziekten, van welke aard dan ook, worden onderzocht op hun geschiedenis in de menselijke soort door middel van fylogenetische analyse. Als er bijvoorbeeld een langere geschiedenis is van bepaalde ziekten bij een bepaalde stam, passen gastheer en kiem zich steeds beter op elkaar aan. Fylogenetische overwegingen zijn de focus geworden van onderzoek, niet alleen naar ziekten, maar ook naar menselijke lichaamsprocessen zoals hoesten. In dit geval bewijst de fylogenetica dat de vitale functies van slikken, braken en ademhaling moest worden beschermd door reflexen bij alle gewervelde dieren vanwege de kieuw darm, omdat de anatomische structuren ze gemakkelijk kunnen verwarren. Vis spuwt steurdeeltjes of oneetbare producten uit de kieuwmand door de mond door middel van een krachtige samentrekking van de faryngeale spier. Gewervelde landdieren hebben een scheiding tussen de functies hoesten en spugen. De longen en keelholte van deze wezens worden door hoesten van deeltjes ontdaan. De slokdarm en maag, aan de andere kant, vertrouw op spugen. Landwezens maken het neus- door middel van niezen.
