De volgende symptomen en klachten kunnen wijzen op Japanse encefalitis:
- mild griep-achtige ziekte - in de meeste gevallen.
Meningoencefalitis* (incidentie: 1 op 250 infecties).
- In ongeveer elke 250ste besmettingsgeval.
- Hoge koorts, gewoonlijk 10 dagen.
- Algemeen gevoel van ziekte
- Cephalgia (hoofdpijn)
- Misselijkheid (misselijkheid) / braken
- Verstoring van het bewustzijn
- Epileptische aanvallen
- Reflex stoornissen
- Verwarring
- Gedragsveranderingen
- Tremor (beven)
- Parese (motorische verlamming)
- Loopstoornissen
- Coma
* Gecombineerd ontsteking van de hersenen (encefalitis) en hersenvliezen (hersenvliesontsteking) De letaliteit (sterfte ten opzichte van het totale aantal mensen dat aan de ziekte lijdt) bij CZS-betrokkenheid is 30-35%. Kinderen en ouderen lopen een grotere kans om de ziekte ernstiger op te lopen.