chondroïtinesulfaat (CS) is geclassificeerd als een lid van de glycosaminoglycanen (GAG's), ook bekend als mucopolysacchariden, dit zijn koolhydraatzijketens die essentiële componenten zijn van proteoglycanen. Alle glycosaminoglycanen bestaan uit 1,4-glycosidisch gekoppelde disaccharide-eenheden. In het geval van chondroïtines, zwavelzuur wordt regelmatig aan gehecht zuurstof or stikstof atomen, zodat ze meestal sterk zuur reageren. Chondroïtinesulfaten A en C zijn samengesteld uit glucuronzuur en N-acetyl-D-galactosamine. chondroïtinesulfaat B heeft een vergelijkbare structuur. Het staat bekend als dermataansulfaat of bètaheparine van L-iduronzuur en NAG-4-sulfaat.
Aan de ene kant, chondroïtinesulfaat komt het lichaam binnen via voedsel. Het wordt aangetroffen in vlees en zeedieren, vooral in mosselen en oesters. Aan de andere kant kan de glycosaminoglycaan in het lichaam zelf worden gevormd. Endogene synthese vereist glucosamine sulfaat, het voorkeurssubstraat voor de biosynthese van glycosaminoglycanen. Chondroïtinesulfaten worden, als dierlijke proteoglycanen, grotendeels in opgenomen kraakbeen weefsels en vertegenwoordigen dus de belangrijkste intercellulaire componenten van bindweefsel, kraakbeen en bot. Ze zijn echter ook te vinden in huid en lichaamsslijm.
Technisch gezien werden chondroïtinesulfaten vroeger verkregen uit haaien kraakbeen, en later ook van respectievelijk runder- en varkenstracheïden.
