Isoflavonoïden hebben een moleculaire structuur die lijkt op steroïd oestrogeen (vrouwelijk geslachtshormoon) en worden daarom ook wel genoemd fyto-oestrogenen Hun hormonale activiteit is echter een factor 100 tot 1,000 lager dan het oestrogeen dat wordt gevormd in het zoogdierorganisme. Vanwege hun chemisch-structurele gelijkenis met het vrouwelijk geslacht hormonen, isoflavonen ingenomen met voedsel kan binden aan de zogenaamde type 2 oestrogeenreceptor en deze blokkeren voor endogeen oestrogeen. Overeenkomstig, isoflavonen bij postmenopauzale vrouwen vertonen lage endogene oestrogeenspiegels een meer oestrogeen effect, terwijl isoflavonen bij premenopauzale vrouwen een anti-oestrogeen effect hebben door oestrogeenreceptoren te blokkeren.
