Omdat melatonine wordt voornamelijk gemetaboliseerd door CYP1A enzymen, het kan een wisselwerking hebben met drugs die ook worden gemetaboliseerd door CYP1A of deze remmen.
CYP1A-remmers omvatten oestrogenen in de vorm van anticonceptiva en hormonale substitutietherapie (HER) of de antidepressivum fluvoxamine Gelijktijdig gebruik van melatonine met CYP1A-remmers resulteert in een teveel aan melatonine. Nicotine misbruik vermindert op zijn beurt melatonine levels.
